当水中含有油脂时，随过滤的进行，油脂成份会覆盖膜表面，从而有可能堵塞微细孔，因此原水不要含有过多的油脂，在N-HEX 值（正已烷提取物）超过50mg/L 的情况下要进行气浮除油，降到50mg/L 以下。

在含有矿物质油的情况下，有可能对膜产生更恶劣的影响，因此在有矿物质油存在时，N-HEX值应降到3mg/L 以下后方可使用膜组件。

在MBR运转初期，污泥起泡时，需加入消泡剂。此时请使用高级乙醇系列消泡剂，硅油系列消泡剂不能使用。这是因为硅油系列消泡剂被吸附到膜表面时，会加快膜间压差的上升，而且硅油引起的压差上升，属不可逆的膜污染，无法恢复，所以严格杜绝使用硅油系列消泡剂。

当原水中含有较高浓度的钙镁离子时（工业废水），应根据实际情况适当增大生化停留时间，并将反应器设置为推流式，膜池一般置于推流池的最末端，以尽量减少其在膜表面结垢。并且膜池内废水pH 应维持在偏酸性，以减缓结垢。