甲醇具有较强的清洗作用，汽油车在改装甲醇燃料，使用初期时，会将原来附着在油箱壁上或沉积在油箱底部的铁锈、胶质颗粒、油污等杂志清洗下来 ，漂浮或混入燃料中。这些杂质，在汽油泵长期运转下会被带入油路中。极易造成油管路，滤清器，喷油嘴的堵塞。因此，在甲醇汽车改装前，应先彻底的清洗一下汽车的燃油系统。

一般汽车改装甲醇之后，油路系统需要经过2-3次的清洗才会彻底的干净。在清洗时，建议使用不易燃烧的柴油或者甲醇进行清洗，不要使用水。甲醇的亲水性，决定其可以与任意比例的水结合，如果使用水清洗油路，油路附着的水与甲醇结合，会影响使用效果。