一般来说，15m的短柱用于快速分离较简单的样品，也适于扫描分析；
30m的色谱柱是常用的柱长，大多数分析在此长度的柱子上完成；
50m、60m或更长的色谱柱用于分离比较复杂的样品。
应该注意，柱长增加，分析时间也相应地增加。
柱内径的选择
柱内径直接影响柱子的效率、保留特性和样品容量。柱比大口径柱有更高的柱效，但柱容量更小。
0·25mm：具有较高的柱效，柱容量较低。分离复杂样品较好。
0·32mm：柱效稍低于0·25mm的色谱柱，但柱容量约高60％。
0·53mm：具有类似于填充柱的柱容量，可用于分流进样，也可用于不分流进样。

保存操作

1、如果流动相含有酸或无机盐，应当先用去离子水（20倍柱体积）冲洗干净。然后用用乙腈或甲醇保存色谱柱。用柱子的接头密封，并放在稳定的环境中存放。

2、应避免色谱柱受到直接的机械冲击或摔落，避免造成色谱柱性能的降低。