水霉病一般以预防为主，特别需要注意在拉网、捕捞和运输时尽量防止损伤鱼体和被寄生虫咬伤，及时消毒以抑制水霉病的发生。在水霉病的高发期防鱼体受伤和受伤后及时处理防细菌感染是防控水霉病的关键措施，同时调好水体环境，提高溶氧，加强内服，补充营养，增强体质，即使患病恢复的也快。
很多时候导致鱼类死亡不仅是水霉，往往是真菌、细菌和病毒联合感染，加上鱼体抵抗力差、免疫力低，一旦发病往往会导致细菌性疾病等继发性感染,如随后出现出血病、烂鳃病等，要及时采取应对措施做好后续防治。
参考预防措施：
1.在放苗前做好池塘清淤工作并彻底消毒；
2.鱼苗放养时浸洗消毒；
3.在养殖中后期加强饲养管理，提高机体抗病力；
4.越冬前，使用草本驱虫净，做好最后一次杀灭寄生虫工作，尽量不让残存的寄生虫留存下来越冬；
5.在拉网过程中，准备工作做充分，注意把控运输时间和密度，及时消毒；
6.适时肥水培菌培藻，细菌藻类的繁殖会对水霉菌有一定抑制作用；
7.拉网或放苗前泼洒抗应激产品

当水霉病确诊后，应选用对真菌有杀灭抑制作用的药物而不是选择常用的杀菌药物，及时使用针对水霉病的中药产品百草霉净，稀释后全池均匀泼洒，每袋6亩/米水深，根据实际情况调整用量，病情严重时，可连续使用2次或多次，可配合聚维酮碘外泼，同时拌料内服5-7天出雪烂鳃康以防止细菌继发感染。如果条件允许的话，在用药期间想办法提高水温，增强药品的效果，在使用百草霉净治疗水霉时，应该选择晴天上午到中午。