PCR实验室设计的核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型:扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。

工作区域的严格划分，各个实验区域要有明显的标记(如醒目的门牌或不同的地面颜色等)，以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。

合理的系统设置，合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排的空调系统；严格的气流压力控制，保证不同的实验区内不同的压力要求。

规范的操作，临床基因扩增检验实验室的技术人员必须进行上岗培训，在实验操作过程中，操作者必须戴手套，并经常更换。清洁工作及时、正确。实验工作结束后，必须立即对本区进行清洁。

严格的管理:严格控制进出实验室的人员。在各个实验区域使用带有明显区别标志的工作服(如不同颜色)，当工作人员离开时不得将本区的工作服带至其它区域；尽量减少在实验区内不必要的走动以减少交叉污染的可能性。扩增产物分析区是主要的扩增产物污染来源，废液不能在实验室中倾倒，必须经消毒液浸泡消毒后在远离实验室的地方弃掉，用过的吸头等一次性材料也应经消毒液浸泡消毒后统一处理，如焚烧等；