燃料乙醇生产技术主要有第一代和第二代两种。第一代燃料乙醇技术是以糖质和淀粉质作物为原料生产乙醇，其工艺流程一般分为五个阶段，即液化、糖化、发酵、蒸馏、脱水。

第二代燃料乙醇技术是以木质纤维素质为原料生产乙醇。与第一代技术相比， 第二代燃料乙醇技术首先要进行预处理，即脱去木质素，增加原料的疏松性以增加各种酶与纤维素的接触，提高酶效率。待原料分解为可发酵糖类后，再进入发酵、 蒸馏和脱水。